微生物肥料是由一种或数种有益微生物，经工业化培养发酵而成的生物性肥料。通常把微生物肥料分为两类：一类是狭义的微生物肥料，指通过微生物的生命活动，增加植物营养元素的供应量，包括提高土壤和生产环境中植物营养元素的供应总量，致使植物营养状况改善，进而产量增加，这一类微生物肥料的代表品种是根瘤菌肥；另一类是广义的微生物肥料，指通过其中微生物的生命活动，不但能提高植物营养元素的供应量，还能产生植物生长激素，促进植物对营养元素的吸收利用或有拮抗某些病原微生物的致病作用，减轻农作物病虫害而促进作物产量的增加。
目前，微生物肥料总产能在1,600万～1,700万吨，几乎在所有作物上都有应用，已成为新型肥料中应用面积最广的品种。
由于我国长期、大量使用化肥，农业生产出现一系列问题，再加上中国耕地复种指数高和连作生产，土壤持续生产能力下降，肥料利用率下降，土壤质量、农产品质量安全问题日益严重。而解决这些问题离不开微生物肥料。
微生物肥料在提高肥料利用率、减少化肥用量方面大有作为。微生物肥料品种丰富，应用范围广。目前微生物肥料产品有微生物功能菌剂、生物有机肥、复合微生物肥这三大类产品，使用的菌种数量超过150种。微生物肥料分别有以下功效：一是提供或活化养分；二是产生促进作物生长的活性物质；三是促进有机物料腐熟；四是改善农产品品质；五是增强作物抗逆性；六是改良和修复土壤。
在产业政策和产业定位上，2013年国务院发布的《生物产业发展规划》将微生物肥料列为高新技术产业和战略新兴产业。国家发改委将微生物肥料列为现代农业优先发展的技术之一。国家在“十三五”和更长时期内支持和发展微生物肥料产业。未来微生物肥料将会占肥料总量的15%左右，应用推广面积4亿亩以上。
据统计，国内微生物肥料生产企业已超过1,000家，年产量1,000万吨，产值200亿元。截至2015年10月，在农业部登记的微生物产品达2,675个，累计应用面积超过2亿亩。我国生产的微生物肥料已打入国际市场，30个产品年出口量近20万吨。
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