有机农业核心是建立和恢复农业生态系统的生物多样性和良性循环。在有机农业生产系统中，作物秸秆、畜禽粪便、豆科作物、绿肥和有机废弃物是土壤肥力的主要来源，作物轮作以及各种物理、生物和生态措施是控制杂草和病虫害的主要手段。
　　但是这一农业系统并不是简单回归传统农业，而是充分应用了现代科学技术的最新成就。总的原理，是通过各种农艺措施，创造有利于作物的生长环境条件和能够抑制病虫害的环境条件。同时通过农牧共生兼营，维持土壤氮素平衡。

1、土壤病毒诊断及去除
　　战后，德国农业生产得到了较大的发展，高产作物及高水肥环境的持续，“土壤病”即作物连作症越来越严重。近年来，德国的植保科学通过化学技术，从土壤中分离鉴定相应的植物毒素，把这些积累的毒素从土壤中清理出去，作物就可以健康地成长。这一技术已在农业生产中得到推广应用，而且与现代利用图像处理技术进行目标体自动识别相结合。

2、创造益生生物环境
　　为了给益生生物提供适当的生存环境，有机农业生产技术体系要求保护时空的多样性和连续性，德国农业提倡在同一区域种植多种作物及保留非生产性作物的生长区域。
　　提倡少耕法，保护土壤结构；减少翻耕、土表的机械使用，改善土壤结构。这样既可以保证稳定和多样化的食物供应以及营业丰富的食物，此外多种作物共生共存，增强了田间昆虫等益生生物的生存环境，增强了系统的稳定性。

3、合理轮作倒茬及间作
　　德国有机农业总结了传统农业中在作物的倒茬、轮作、间套作等方面丰富的经验，对谷物、大豆、麦类、果园、蔬菜等连作障碍和“茬口”问题，科技人员和农场主采用了相应的轮作、间套方式予以解决。不同的作物间、套、混种，有效地控制了病虫害的为害，也有利于控制杂草的生长。采用合理的栽培技术，如增加覆盖、调整播期和成熟期、利用抗逆品种、应用植物杀虫剂及驱虫剂等，使农业生产系统的病虫害减少到最小。
　　值得一提的是，德国农业是个高度机械化的产业， 间、套等农艺措施对农机及作业提出了新的要求。按照无条件满足客户要求的商业精神，德国农业机械进行了多种配套，从而满足了这种要求。德国农业机械的质量及配置标准较高，政府有关机构每年对农机具进行审检，以保证其高性能。

4、控制病虫害发生的环境条件
　　土壤中病原菌的生长，因其种类的不同，对适于其生长的酸碱度(pH值)有一定要求，如适宜微酸性的有根肿病、紫纹羽病菌等；适宜酸性的有腐霉菌、晚疫病、丝束霉菌、白纹羽病、白绢病、黄萎病、菌核病菌等；适宜酸性—弱酸性的有镰孢菌等。土壤传染病菌除马铃薯病菌外，其他几乎都是真菌，所以都喜酸性土壤。
　　因此，如果把土壤的酸碱度调整到中性至碱性， 就能预防土壤传染病。相当一部分植物病害与温度、湿度及光照等相关，德国科学家针对作物具体病害，制定了不同的作物栽培方案，通过垄沟、减小密度、缩少郁蔽度、增强透光来控制病虫害，取得了巨大效果。在农场已形成了不同作物实施相应的栽培方案，从而有效地控制了病虫害的发生。

5、注重施用有机肥
　　德国有机农业除严禁使用化肥、农药等外源合成物质、减少机械破坏外，还十分注重提高土壤有机质， 给放线菌以丰富的营养，成为优势菌群，控制农作物病害发生为害。提高土壤有机质的措施包括种植绿肥、深根豆科作物、农地休闲、增施有机肥料等。
　　欧盟鼓励旨在改良环境的农业补贴，德国的农业支持政策始终是处于欧盟统一的农业支持政策框架下， 与之保持一致，并随着欧盟农业支持政策的演变而变化发展。在补贴制度上，欧盟对农业不再实行产量补贴， 而是依据不同作物的面积补贴和对牲畜的头数补贴， 以及休耕地面积补贴。

6、农牧结合维持土壤氮素平衡
　　德国家庭农场多以养畜为主，兼营种植业。在政府政策鼓励下，有机农场只施用有机肥，使畜牧业和种植业相互促进，共同发展，减少了化肥施用过多对土壤环境的污染。德国农业的一个显著特点是畜牧业十分发达，是一个以畜牧业为主的农业结构，畜牧业产值占农业产值的60%以上。这种生产结构大大提高了农产品的附加值，为人们提供高质量、高营养的乳肉制品，在改善人们的饮食结构，提高生活水平的同时，也增加了农业产值。
　　种植业为畜牧业生产了80%以上的谷物饲料，另外近20%的饲料问题则由进口解决。发达的畜牧业是德国有机农业的肥料基础。

7、应用植物化感技术增强作物抗逆能力
　　德国农业对现代技术的应用，有利于环境改良， 促进了农业可持续发展。农学家寻找到新的途径——植物强壮，增强植株抗性。用自身保护替代药治,保护比防治更重要，这是德国农业界的普遍认识。
　　德国的农资登记中，有一栏植物强壮剂的物资， 专指增强植物抗逆能力的农资。此外，德国农业中应用植物源物质或生物活性物质修复调理土壤，消除土壤病害对作物的影响。                 （世界农业）