微生物肥料指含有特定微生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。微生物肥料包含微生物接种剂（农用微生物菌剂）、复合微生物肥料、生物有机肥。
1.农用微生物菌剂：目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后加工制成的活菌制剂。它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用。还能应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量、促进植物生长、改善农产品品质及农业生态环境。
2．复合微生物肥料：生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品。
3．生物有机肥：特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源，并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
微生物菌剂与微生物菌肥的区别
菌剂是农用微生物菌剂的简称，对应的标准是《农用微生物菌剂》（即微生物接种剂），是指1种或1种以上的目标微生物经工业化生产扩繁后直接使用或仅与利于该培养物存活的载体吸附所形成的活体制品，它是菌肥大类的其中一种。
菌肥是老百姓和部分经销商对微生物肥料的简称，是指目标微生物经工业化生产扩繁后与营养物质等复合而成的、含有该培养物活体的制品，它在单位面积上的用量较大，目前可分为复合微生物肥、生物有机肥和农用微生物菌剂，即涵盖菌剂。
菌肥一般包装较大，多为40kg，也有25kg和50kg的包装，一般亩用量较大，按照目前全国各地亩有机质含量在1.0%左右的情况，一般果树要使用200～500kg左右。大肥料菌肥目前的市场价格比较集中在2,000～3,000元，已逐步成为市场的主流肥料。一般复合微生物肥料和生物有机肥的每亩使用量超过200kg，而农用微生物菌剂在单位面积上的用量少，一般每亩用量2～5kg。一般农用微生物菌剂简称菌剂，是小肥料，是配剂；复合微生物肥料和生物有机肥简称菌肥，是大肥料。
微生物菌剂与微生物菌肥的联系
在国家标准制定中，微生物菌剂是微生物肥料中的一类，目前在微生物菌剂产品登记的152种菌种中，使用频率较大的前10位菌种分别为：枯草芽孢杆菌、胶冻样类芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、酿酒酵母、侧孢短芽孢杆菌、细黄链霉菌、植物乳杆菌、黑曲霉，其中芽孢杆菌占75%。
目前在市场上推广时，微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性分为：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂；剂型以液体为主，也有粉剂、颗粒剂。
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