在有机栽培过程中，一直存在杂草的问题，然而在不能使用化学除草剂的前提下，只能利用一些物理性或是生物性的防治方法来防除杂草。本文收集欧、日及国内有机栽培时进行杂草防治的几种方法。
　　一、有机栽培过程中的杂草防治，仍须以人工及机器除草为主
　　在有机栽培的杂草控制过程中，小面积的栽培还是以人力为主，而大面积的栽培，则需要以机械来控制杂草生长。防除杂草，并不是灭绝杂草，因为一些杂草被发现具有药效，或是在观赏上具有不错的价值，因此现在提倡有机栽培，有助于维持生物多样性。
　　机械除草，一方面能除去田间杂草，另一方面又将下层带有杂草籽的土层翻耕到表层，使这些草籽得以萌芽，对多年生杂草也类似，机械耕作虽然将其地上部分铲除，但却促使休眠芽萌发，因此，单用机械除草，一般需要2～4次才能有效的控制其危害。
　　二、覆盖物或绿肥等覆盖作物，也是杂草防治上最多利用的方法
　　利用自然产生的物质回归于自然，一直是自然农法主要的期望，因此利用覆盖作物、草生栽培等方法，无不希望减少化学除草剂的施用，并且开发不污染环境之新资材也是作为有机栽培上的重点，比如MOA规章中，再生纸纸蓆，是列入观察中的有机资材，因为再生纸经分解后是否会对环境造成损害，尚待观察中。

　　三、敷盖物与畦面的紧密程度，会影响杂草防治的功效
　　由(土田等(1999))及(山内稔 等(2001))的报告指出，再生纸敷盖与畦面的密实度，对于杂草控制有着密切的关系。此外利用稻谷或是稻杆作为畦面的敷盖，其使用的稻谷或是稻杆的厚度及数量上，亦具有相当的关系存在，因为厚度若不足，杂草容易出土或突出，而造成杂草的生长，因此在有机栽培上，如使用敷盖物或覆盖物，要检查敷盖物是否与畦面有切实的密合。

　　四、种植强势的作物
　　如高大的牧草、向日葵、玉米、高粱等，这些作物初期长势快速，而且植株高大、茎叶茂盛，具有较强的覆盖力，所以可以和杂草竞争空气、养分、日光等，达到抑制杂草的功效。

　　五、利用相克作用抑制杂草生长
　　植物相克作用系利用植物释放其二次代谢物质以抑制自己或其邻近植物的种子发芽、生长发育及结果，例如：优势性强的牧草―克育草，其对林地杂草的抑制主要为其化学成分mimosine等的作用，此草会抑制该地杂草生长。此外，如向日葵植体的抽出物，可用来防治猪草(pigweed)，velvetleaf，蔓陀罗(Jimson weed)等杂草。植物能分泌某些选择性毒素，或是折断后的某些植物可分泌出一些物质，来防除杂草，如美国利用种植黑芥，可抑制矮橡树发芽。

　　六、利用微生物除草剂
　　天然微生物除草剂已有相当多的基础研究，包括宿主专一性的毒物质及非宿主专一性的毒物质，许多公司正在大力发展中。
　　利用病原菌：包括细菌、真菌及病毒等，利用人工繁殖病菌，在适当时期行喷施处理。现在有研发出炭疽病菌可防治菟丝子等杂草。

　　七、利用动物
　　生物防治为利用动物、昆虫、菌类等方法防治杂草，如家畜、家禽、牛、鸭类、羊等啃食及昆虫咬食，使杂草无法繁密高大，而得以抑制。利用动物：包括草食性家禽，如鹅、火鸡、鱼类，像草鱼可防治沉水性杂草。鸭子可借由踩踏水田，使田水浑浊，进而抑制杂草行光合作用。
　　八、共荣植物观念
　　例如：水稻与鸭舌草之关系，鸭舌草为具有浮袋的水田杂草，而与水稻所吸收的成分不同，作为水面覆盖可以防止其他禾本科杂草滋生。

　　九、耕作防治
　　所谓耕作防治是指利用作物栽培管理方式及技术，达到抑制或不利于杂草生长的防治方法，例如传统人工除草、机械除草、火烧、窒息法(淹水、覆盖)、轮作制度等。
　　1.绿肥轮作：休闲期可种植绿肥作物，在台湾常见的有油菜、大豆、田菁、苕子、埃及三叶草、紫云英等。
　　2.敷盖：以不透光物质覆盖地面，如黑塑料布、稻草、纸席。
　　3.耕牦：可清除已萌芽的杂草并且把未发芽的杂草种子翻出，等它萌芽再一次耕牦清除。
　　4.深耕：以曳引机翻动土，让杂草种子深埋土中，失去发芽活性。
　　5.种植低匍匐性的草本植物：可降低杂草竞争力、减少土壤水分蒸发。
　　6.轮作：利用轮作可减低杂草对作物、环境的适应力。
　　7.栽培方法：撒播、窄行距、密植、移植栽培、拔草、除草、割草可降低杂草竞争力。