肥料的种类按时期可以分为基肥和冲肥以及叶面肥三大类。而有机肥（粪肥等）又是基肥的重要组成部分，鸡粪、鸭粪、猪粪、稻壳或作物秸秆等是水果黄瓜常用的基肥。该类肥料需要注意的一个重要的问题是腐熟，因粪肥未腐熟或腐熟度不高，造成伤苗伤棵的现象也是屡见不鲜。粪肥发挥作用被作物吸收利用所需的养分是在充分腐熟的前提下进行的。一般常见的粪肥在自然条件下，有一个相对慢的腐熟过程。而进入到棚室相对密闭的环境后，适宜的温湿度环境，虽然加速了腐熟过程，但施用后在土壤中的腐熟，也是造成苗子受害的根源所在且未腐熟的粪肥往往会携带大量的虫卵和病菌，也成为了病害和虫害的初侵染源。粪肥在腐熟过程中，会释放大量的氨气、有害酸类等有害物质，所以会导致幼苗出现叶片黄白化的氨气中毒现象，释放的有害酸类物质和大量的热造成了根系的损坏。建议应用粪肥应该提前购买或者喷洒腐熟剂，促进粪肥的用前腐熟，才能避免施用后出现的弊端。再者，针对当前容易出现的“熏苗、烧根”等现象，市面上也有很多优秀的商品有机肥或腐熟好的稻壳鸡粪等，这也是应用的～个重要转变，也是相对理想的基肥选择。