棚内因生态环境较为特殊，一年四季都易引发各种病虫害。要有效地防治病虫害，必须科学、正确地使用农药。
　　正确选药 每种农药都有一定的防治范围和防治对象，使用前要了解农药的性能和使用方法，根据棚内病虫发生的特点和对象正确选药，做到有的放矢。在阴雨雪天气，一般要用粉尘剂，以降低棚内空气湿度。
　　对症下药 准确区别作物是生理性病害还是侵染性病害，确认所发生病虫害种类，做到对症下药。
　　适时用药 根据病虫害发生的规律，应在病虫害发生初期施药，把病虫害控制在点片发生阶段，防止蔓延。考虑到棚内温暖潮湿的环境，不宜在阴雨天或温度高的情况下喷药，以防止棚内湿度过高，降低药效。在高温条件下，使用硫制剂防治瓜类及蔬菜病害，以免发生药害。
　　连防换药 病虫害发生后，一般要连续防治2～3次，每次间隔7～8天。防治过程中要注意轮换用药，将不同类型、不同作用机理的农药合理交替使用。如氧化乐果属于有机磷农药，敌杀死属于拟除虫菊酯类农药，它们的作用机理不同，如果注意轮换使用，就可避免或延缓病虫害抗药性的产生。
　　规范施药 严格按照说明书上的使用浓度和用药量用药，棚内喷雾、喷粉一定要全面、均匀，药剂喷雾一般在上午进行，以便在棚内温度升高后通风，降低棚内湿度。烟雾剂一般在傍晚密闭大棚后使用，且要注意防火。
　　安全用药 在蔬菜生产中应选用高效、低毒、低残留的农药品种，切忌随意增加药液浓度，用药次数不能过多，严格按间隔期用药，以防止蔬菜出现药害，降低农药残留。同时要严格禁止使用有机氯、呋喃丹和甲胺磷等高毒农药。
　　合理混用 可在农药中加入适量化肥或叶面微肥。但要注意：混用时首先要了解各种药的特性，否则，适得其反。例如杀菌剂代森锌、代森铵等遇碱性物质易分解，不能与石硫合剂、波尔多液混用。