目前植物生长调节剂市场混乱，主要存在以下几方面问题：
一是使用者多凭经验，新产品不敢使用。目前种植者常用的植物生长调节剂一般分为两类：生长抑制剂如多效唑、矮壮素、比久等；生长促进剂如生根粉、赤霉素和生长素等。其中如生根粉、比久的应用十分广泛，但随着市场对高品质产品的需求日益明显，其余如多效唑、矮壮素等使用有“风险”却效果显著的产品应用也逐渐增多。不过，在产品的精确剂量及应用时间上，企业及种植户大多凭经验，用量上一般根据以前的经验积累，而种植场周边的农户却还大多不敢用或者用不好这类产品。
二是常发生浓度使用不当造成损失情况。虽然植物生长调节剂一般是低毒产品，但普通种植者大量使用目前还有难度，因为其使用技术门槛较高，浓度不同效果可能完全相反。在生产上因为植物生长调节剂使用不当而造成损失的情况比比皆是。先正达（中国）投资有限公司技术支持经理董玉光介绍说，以天竺葵为例，其很适合春季开花栽培，但当温度稍高肥水充足时，就会“疯长”，很多种植户会用如比久、矮壮素、多效唑等产品来控制株形，但天竺葵对这些控制生长的激素非常敏感，浓度稍有变化就会出现问题——要么没有效果；要么控制过头，生长非常缓慢，变成僵苗。对于植物生长调节剂的使用，必须强调预先试验，专家建议使用此类产品宜少量多次，防止对植物造成不可逆转的伤害；另外应从低浓度向高浓度逐级递增。另外还要主意使用方法，比如使用多效唑，应以花卉根茎吸收为主，有些用户采用叶面喷雾，看起来有效，其实是药液从叶面流到土壤被根吸收或茎部皮层细胞的渗透吸收等原因造成的。
四是市场上假冒伪劣的产品很多。目前国内植物生长调节剂产品造假的太多，有时候一年就能出来好几十家新“企业”，但这些“企业” 根本没有生产资质。目前花木植物生长调节剂领域乱象频发主要是因为这个领域是最近几年才发展起来的，缺乏有效监管；而且执法难度很大。即使是一些正规企业生产的产品，相互之间也有很大差异。不同企业之间的技术流程和工艺水平差距很大，同样是80%的有效成分，但效果完全不一样，而且有些企业规模小，不注重品质，偷工减料降低成本后，又低价倾销成品，对高质量的成品生产企业也造成一定压力。
五是市场上许多国产的植物生长调节剂产品稳定性相对较弱，溶解性和持效性也不如进口产品。在生产中生长抑制剂用得相对较多一些，出现问题也较多。如多效唑和比久，往往出现效果不一致、时好时坏的情况。这虽然与环境条件和植物长势有一定关系，但也与药物质量有一定关联，这也是每次使用植物生长调节剂之前必须先小范围试验的原因。企业需要提高药物的稳定性，同时提高药物的溶解性。国内植物生长调节剂类产品大多采用粉剂，这在很大程度上影响了药物的溶解性，药效必然降低，可以在剂型上做些调整。
六是很多产品没有在相关部门登记，因此正确的应用浓度无法从标签上获得。建议在使用植物生长调节剂类产品时，需要在不同的花卉作物上、不同的生长时期、不同的季节做试验；大面积应用的浓度不宜太高；不同的季节，应用的浓度要有差异；对不同生产企业生产的同一成分的产品，应重新做试验来获得实际经验，如果一直按照老的经验使用，可能会出现意想不到的问题。
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