磷酸钙含有大量游离酸，连续大量施用，会造成土壤酸化。钙镁磷肥含有25%--30%的石灰，大量施用会使土壤碱性加重和理化性质恶化。过量施用磷酸钙，会使土壤里的锌与过量的磷作用，产生磷酸锌沉淀，作物无法吸收。过量施用钙镁磷肥，过剩的磷又会与土壤中的锌作用，产生作物不能吸收的氢氧化镁，造成作物缺锌。
      适量施用磷肥，会促进作物对钼的吸收，但过量施用磷肥，却会使磷和钼失去营养平衡，影响作物对钼的吸收，表现出“缺钼症”。据研究，过量施用磷肥后，还会造成土壤中的硅被固定，不能吸收，引起作物缺硅，特别是对喜硅的禾本科作物的影响更大。土壤含磷量过高，作物吸磷越多，导致植株呼吸作用过于旺盛，消耗的干物质大于积累，造成繁殖器官提前发育，引起作物过早成熟，籽粒小，产量低。磷肥施用量的多少，一般应根据土壤有效磷含量决定。含量小于10微升/升时，每667米2可施标准磷肥30--35千克。含量10--20微升/升的，每667米2施15--25千克。一般每年施一次磷肥即可。