发病初期，番茄嫩叶褪绿，严重的植株上部褪绿和萎蔫，伴随着下部茎坏死，病茎表面初生褐色至黑褐色斑，外部变硬，纵剖病茎可见髓部变成黑色或出现坏死，维管束褐变，这些病变多发生在植株外部无病变的地方，髓部发生病变的地方则长出很多不定根。被害株多在青果期表现症状，多从果柄开始变褐，最终至全果褐腐、果皮变硬，挂于枝上。生产上当下部茎被感染时，常造成全株死亡。湿度大时菌脓从茎伤口和不定根溢出。
　　发病原因有以下几种：
　　（1）高湿。湿度大时在番茄表面形成一层薄薄的水膜，该细菌细胞能生长在水膜中。因此，空气湿度较大则有利于发病。
　　（2）夜温低。该病原菌在4℃时繁殖速度最快，42℃就会停止生长。因此，夜间的低温是细菌繁殖的有利条件。
　　（3）偏施高氮肥。氮素化肥施用过多，植株体内的氮素与大量碳水化合物反应，形成蛋白质，剩下少量的碳水化合物用作构成细胞壁，从而使细胞壁变薄，植株抗病性减弱，叶片、茎秆等组织柔软多汁，细菌易从这些地方侵入，导致病害发生严重。
　　（4）机械损伤。移栽时由于突击栽植或雇工栽植，人员技术水平参差不齐，栽植的深浅和封土时用力大小不一，容易使茎秆表皮层受伤，细菌从伤口处侵入，引发髓部坏死。一般在苗期植株长相上看不出症状，经常在第一个果坐果完成到绿熟期发病。二是打老叶造成了茎秆上的伤口，即叶柄和茎秆的结合部，从外表看伤口已经愈合，实际上伤口因为流胶或结露，不断滋生的细菌已经侵入到了髓腔，继而腐烂中空、黑色坏死，最后才表现出细菌性髓部坏死的典型症状。
　　可采取以下防治方法：
　　（1）高畦覆地膜栽培。
　　（2）施足粪肥，增施磷、钾肥及生物菌肥，勿偏施、过施氮肥，保持植株生长健壮。
　　（3）注意放风和采用膜下滴灌，避免高湿条件出现。
　　（4）移栽时轻拿轻放秧苗，培土时不要用力过大，避免对秧苗茎秆挤压造成伤口，移栽后用铜高尚、喹啉铜或噻菌铜等喷一次茎基部。
　　（5）打老叶时，要适当留一段叶柄，整个大棚打老叶结束后，立即喷施一次药剂预防。
　　（6）前期喷洒77%可杀得可湿性粉剂400～500倍液、33.5%喹啉铜1500倍液或20%噻唑锌750倍液等，以上药液交替喷洒、灌根。
　　（7）后期田间出现发病中心株时，晴天全株喷雾，重点喷于病茎部，7-10天喷1次，连喷3～4次，采收前3天停止用药。