该所科研条件良好，仪器设备齐全，能满足植物保护与农业环境保护学科领域高水平科学研究的要求；科研力量较雄厚，现有在职职工78人，其中高级职称24人，中级职称33人，初级职称16人；具有博士学位23人，具有硕士学位31人，已形成一支人员稳定、结构合理、充满活力、不断创新的科研团队；科研平台建设发展较快，是“农业部热带农林有害生物入侵监测与控制重点实验室”和“海南省热带农业有害生物检测监控重点实验室”的依托单位。
　　建所55年来，本所先后承担了国家科技支撑计划项目、国家自然科学基金、公益性行业科研专项等各项科研项目370多项，已申请专利7项，获得成果84项；其中国家奖3项，省部级奖52项，部分科研成果居国内外领先水平。已发表论文800多篇，出版或参编专著27部。本所在主持和承担各类国家、省部级热带植物保护和农业环境保护科研项目的同时，积极组织多学科协作攻关，在热带农林重大病虫草害和重要外来入侵生物的预警和控制技术、热区植物保护资源的创新利用等领域的研究处于国际先进水平，在病原物致病性功能基因组学分析、热带农业废弃物资源化利用、热带农业产地安全性评价等领域研究处于国内先进水平，为热区经济发展和生态安全作出重要贡献。
一、研究领域
　　主要从事热带农业微生物资源的收集与应用，研究方向为热带农业微生物防控土传病害。
二、主持的科研项目
　　1、公益性行业（农业）科研专项“由尖孢镰刀菌引起的作物土传病害综合防控技术研究”（200903049）
　　2、国家科技支撑计划课题“热带农林重要病虫害生物防治新技术研究”（2007BAD48B02）
　　3、科技部农业成果转化项目“高效耐热淡紫拟青霉E7菌肥的应用与示范”（2012GB23260563）
　　4、国家科技基础平台项目“热带微生物菌种资源整理整合与共享”（2005DKA21201-10）
三、重要科研进展
　　1、从作物土传病害如枯萎病发病严重区域健康植株周边土壤和根系，以及微生物多样性比较丰富红树木（海边）和热带森林（山上）等土壤分享筛选保藏生防拮抗菌资源3千多株，其中：细菌3属8种820多株，丝状真菌10属20种2500多株，放线菌2属4种533株；申请专利菌株4项。
　　2、创建多菌株筛选方法“三三拮抗”，从拮抗土传枯萎病的放线菌、芽孢、木霉、拟青霉等筛选出复合拮抗微生物菌群组合；同时开展复合微生物菌群协同拮抗机理和土壤微生物生态研究。
　　3、创制新型高效复合微生物菌肥及新工艺；申请以惰性物质为载体的低成本高产率发酵工艺专利1项。
　　4、建立以复合菌剂、生态覆盖为核心防控枯萎病、根结线虫等土传病害一套高效田间防控技术体系。
四、科技产出
　　获省部级以上科技奖励7项，中试产品4个，申报和获批相关专利12个，在国内外发表论文120余篇，其中SCI论文9篇。