综合办公正式实行自2015年9月6日起，农业部肥料登记进入行政审批大厅受理，国家化肥质量监督检验中心停止受理农业部肥料登记申请。今后凡限于农业部登记的肥料产品，只要提供国家认可的质检部门出具的报告，检验报告内容真实可靠，即可到农业部行政审批大厅办理登记手续。
“三项规定”取消一是取消提交肥料样品的规定，省级农业行政主管部门在肥料登记初审时不再抽取肥料样品；二是取消质量复核性检测的规定；三是取消肥料残留试验、肥料田间示范试验资料的规定。
行政许可项目可网上申报申请企业在9月6日前已按原程序提交肥料登记申请材料的，继续按原规定执行。申请企业在9月6日前已经完成省级初审，尚未提交申请材料的，原材料继续有效，但要将材料报送至农业部行政审批综合办公大厅肥料窗口，并通过“农业部行政审批综合办公系统”进行网上申请。9月6日之后申请肥料登记的，须按照新规定执行。
肥料监督管理更严格农业部表示，经核实存在质量等问题的已登记肥料产品，执法部门应对生产企业提出限期整改要求，将整改工作情况报送肥料登记证发证机关。连续两次抽查不合格的产品，肥料登记证有效期满后不予续展。
9月8日，农业部发布第十七批行政审批服务标准的通知，对外公布了《肥料正式登记审批规范》《肥料临时登记审批规范》《肥料续展登记审批规范》和《肥料变更登记审批规范》。其中，肥料登记有关流程有所变动。
一、肥料正式登记审批规范流程1.农业部行政审批办公大厅肥料窗口受理办理时限：2个工作日。
2．农业部肥料登记评审委员会秘书处技术审查办理时限：10个工作日。
3.农业部肥料登记评审委员会评审办理时限：6个月（需要评审的肥料产品）。
4.农业部种植业管理司审查报签办理时限：6个工作日。5.农业部行政审批办公大厅肥料窗口办结办理时限：2个工作日。
6.农业部肥料登记评审委员会秘书处制作并送达证书办理时限：10个工作日。
二、肥料临时登记审批规范流程1.省级农业行政主管部门初审办理时限：15个工作日。
2.农业部行政审批办公大厅肥料窗口受理办理时限：2个工作日。
3.农业部肥料登记评审委员会秘书处技术审查办理时限：10个工作日（直接审批的肥料产品）。
4.农业部肥料登记评审委员会评审办理时限：6个月（需要评审的肥料产品）。
5.农业部种植业管理司审查报签办理时限：6个工作日。
6.农业部行政审批办公大厅肥料窗口办结办理时限：2个工作日。
7.农业部肥料登记评审委员会秘书处制作并送达肥料登记证办理时限：10个工作日。
三、肥料续展登记审批规范流程1.省级农业行政主管部门审核正式续展登记办理时限：15个工作日。
2.农业部行政审批办公大厅肥料窗口受理办理时限：2个工作日。
3.农业部肥料登记评审委员会秘书处技术审查办理时限：10个工作日。
4.农业部种植业管理司审查报签办理时限：6个工作日。
5.农业部行政审批办公大厅肥料窗口办结办理时限：2个工作日。
6.农业部肥料登记评审委员会秘书处制作并送达证书办理时限：10个工作日。
四、肥料变更登记审批规范流程1.农业部行政审批办公大厅肥料窗口受理办理时限：2个工作日。
2.农业部肥料登记评审委员会秘书处技术审查办理时限：10个工作日。
3.农业部种植业管理司审查报签办理时限：6个工作日。
4.农业部行政审批办公大厅肥料窗口办结办理时限：2个工作日。
5.农业部肥料登记评审委员会秘书处制作并送达肥料登记证办理时限：10个工作日。 
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