复合肥有许多优点，比如养分种类多，能同时供给作物所需要的多种养分，充分发挥营养元素间相互促进的作用；有效养分高，经济效益明显，在高浓度复合肥料中，有效成分含量至少占30%以上，多数超过40%，有的高达60%；复合肥副作用小，对土壤的不良影响也小，吸湿性小，不易结块，储存和使用方便。
考虑土质
对于微碱性、有机质含量偏低、有效氮和磷缺乏的土壤，一般应选用酸性氮磷复合肥，如磷酸一铵或腐植酸类氮磷钾复合肥、氮磷复合肥等为宜。
但对少数红黏土或酸性棕壤土，应选用化学碱性复合肥，如磷酸二铵等。
考虑作物品种
一般大田作物选用氮磷复合肥，小麦田或高产田应选用氮磷钾三元复合肥；小麦、水稻、谷子等密植作物，适宜施用粉状复合肥；稀植中耕作物如玉米等应选用颗粒状复合肥，豆科作物宜选用磷钾复合肥，某些经济作物应选用与当地土壤、作物相适应的三元复合肥；根茎类作物（莲藕、玉竹）、玉米、晚稻等宜选用含钾量比较高的复合肥。
相对而言，早稻、花生、芝麻、油菜、辣椒等作物，要选用含磷量较高的复合肥；叶菜类宜选用含氮量较高的复合肥；西瓜、草莓、柑橘、烤烟、茶叶及葡萄等忌氯作物应选用不含氯或含氯量低的复合肥。
与单质肥料混用
复合肥的养分是固定的，要更好地发挥其增产作用，还应配合施用单质肥料，以调节不同生育期中作物对不同养分的需要。如水稻、玉米、小麦等作物，在生长期需氮较多，若选用氮少磷多的磷酸二铵时，就得先按磷计算用量，不足的氮素用单质氮肥补充。如果先以满足作物氮素计算用量，那么磷素就会过多，造成肥料的浪费。
考虑施用方法
如作基肥，必须选用颗粒状复合肥，而且颗粒的硬度越高越好，以利于延长肥效；对含有铵态氮的复合肥料，易被土壤吸附，不易淋失，适用于各种土壤和作物，但是需要实行深施，以利于提高利用率；对于硝态氮复合肥料，不被土壤吸附，易随水淋失，故不宜施用于水田，而适用于旱地作物。
对磷多氮少的氮磷复合肥料，可作底肥深施，用氮肥作追肥，以补充氮素不足。对价格较高的复合肥料如磷酸二氢钾，一般不作底肥，用作浸种或根外追肥。选用氮磷钾三元复合肥作种肥时，要注意氮的含量不要过高，否则容易引起烧种和烧苗。
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