病害
　　一、斑枯病
　　发病症状：主要危害叶片，其次是叶柄和茎。老叶先发病，从外向里。病斑初为淡褐色油浸状的小斑点，边缘明显，以后发展为不规则斑，颜色由浅黄变为灰白色，边缘深红褐色，且聚生很多小黑粒，病斑外常有一圈黄色的晕环。叶柄、茎部病斑褐色，长圆形稍凹陷，中间散生黑色小点，严重时叶枯茎烂。
　　发病规律：芹菜斑枯病是一种真菌性病害，主要以菌丝体潜伏在种皮内或病残体上越冬遇适宜温、湿度条件，产生分生孢子器和分生孢子，借风或雨水飞溅将孢子传到芹菜上。孢子萌发产生芽管，经气孔或穿透表皮侵入，在适宜条件下潜育期8天左右，病部又产生分生孢子进行再侵染。冷凉和高湿条件下易发生，气温20～25℃、湿度为95%以上适宜发生；在连阴天，气温波动频繁或日间燥热，夜间结露，温度过高或过低，植株生势弱；灌水较多，通风排湿不及时常可导致病害的迅速扩大和蔓延。  
　　防治措施：1、施足腐熟有机底肥，注意增施硼肥，追肥要控制氮肥，增施磷钾肥，重视叶面喷施硼肥，加强田间管理，培育壮苗壮株，增强植株抗性。
　　2、清洁田园，及时去除病残体，选择无病地、无病株上采种，实行2-3年轮作；种子温汤消毒，即用48～50℃温水浸泡30分钟，边浸边搅拌，后移入冷水中降温，晾干后播种。
　　3、降温排湿：保护地栽培要选择合适的播期，及时间苗改善株行间通风透光条件；注意降温排湿，白天将温度控制在15～20℃，高于20℃要及时放风，夜间控制在10～15℃，缩小日夜温差，减少结露，切忌大水温灌。
　　二、叶斑病
　　发病症状：芹菜叶斑病主要危害叶片，叶上初呈黄绿色水渍状斑，后发展为圆形或不规则形，病斑淡褐色，病斑会合连片，可导致病叶干枯死亡。茎和叶柄上的病斑椭圆形或长条形，褐色，稍凹陷，发生严重时引起倒伏，高温高湿时，病斑表面可长出灰白色霉层，即病菌的分生孢子梗和分生孢子。
　　发病规律：该病发病适温为22～30℃，相对湿度85%以上。分生孢子形成适温15～25℃，萌发适温28℃。高温多雨、低洼地带易发病，但在高温干旱而夜间结露的情况下，也易发病。此外缺肥、灌水过多或植株较弱发病严重。芹菜叶斑病在幼苗期、成株期均可发病，以成株受害较重，主要为害茎、叶。7至9月为病害流行高峰期。
　　防治措施：
　　1、种子处理。（1）温汤浸种。将种子放入50℃温水中不断搅动，使种子受热均匀，浸种25分钟后立即投入凉水中散热。（2）药剂浸种。可用碧护浸种2-3小时，然后用清水冲洗干净或晾干直接播种。 
　　2、清洁田园：发病初期及时清除病叶、脚叶，收获后清除病株残体，集中消毁深埋，结合深翻土地，减少侵染来源。同时实行2年以上轮作，可大大减少病源数量。 
　　3、培育壮苗：苗房（床）与生产地隔离。育苗前彻底清除病残体并进行土壤消毒。播种选在阴天或傍晚进行，避开高温，播种前先浇足底水，然后用细土填平低洼处，防止出苗不齐或植株弱小，要培育出无病的壮苗。 
　　4、合理施肥：芹菜根系较浅，前茬收获后，每亩撒施颗粒棚、颗粒锌200～400g，并结合深翻土地，整平作畦，为植株生长提供较良好的条件，增强芹菜的抗病性。   
　　5、田间管理：芹菜定植缓苗后肥水齐攻促进植株生长。冬春季生产棚内昼夜温差大，夜间结露时间长，易发病，要注意保温防寒，减小昼夜温差，防止结露，夏、秋季高温多雨，注意排水，要小水浇灌，防止畦内积水。保护地要加强通风，降低湿度。 
　　6、喷药防治：可用1.0%蛇床子素水剂600倍、0.5%大黄素甲醚500倍喷雾防治。
　　三、菌核病
　　1、发病症状：芹菜菌核病主要为害茎、叶柄、叶片。一般多从茎基部开始，被害后，受害部位出现水渍状浅褐色病斑；潮湿时，呈软腐状，表面产生浓密的白霉，后来渐渐形成鼠粪状的黑色菌核。叶片被害，开始产生水渍状暗褐色污斑，潮湿时，病部表面长有白霉，并迅速扩展到叶柄和茎部发病，后造成全株腐烂，同时产生白霉和黑色的菌核。
　　症状识别：一是病斑呈水渍状浅褐色或暗褐色；二是病斑表面长有白色的霉；三是产生有鼠类状的黑色菌核。
　　2、发病规律：病原菌芹菜菌核病是由子囊菌亚门核盘菌属的真菌侵染所致。菌核呈鼠粪形状，外表褐色，内部为白色，呈球形或近球形，平滑。菌核萌发后长出子囊盘，子囊盘出土后呈喇叭状，盘内有呈棍棒形的子囊，囊内含有呈椭圆形的子囊孢子，单胞，排列一行。侵染循环病菌以菌核落在土壤中，或混杂在种子中越冬，成为第二年初侵染来源。第二年，在适宜的条件下，菌核萌发，出土后形成子囊盘，盘内产生子囊，子囊弹放出子囊孢子、借风、雨或灌溉水传播。侵染芹菜发病后，主要通过农事操作、接触传播，进行再侵染。
　　菌核病在比较低温潮湿的环境下发生，适温为5～20℃，最适温度是15℃左右，菌核在50℃时5分钟即死亡。相对湿度达85%以上时，有利于病害发生和蔓延。栽培条件连作地发病严重，与黄瓜、番茄连作的地块发病也重，因为同属一个菌源。地下水位高、排水不良的地发病较重，下雨多或浇水多、种植过密或保护地通风不良、湿度大，发病重。管理差、不除草、不深耕、偏施氮肥、植株生长弱，或不清洁田园的地，发病也重。
　　3、防治措施：保护地内加强通风，降低空气湿度，结合防治芹菜其它病害，利用生态防治，在芹菜生长期间，注意放风排湿，夜间温度下降闭棚时，不要闭的太快，减少芹菜叶面结露。浇水后闭棚升温，当温度达32～33℃时，维持2小时，再放风，能有效的降低大棚(温室)空间湿度。另外，注意覆盖地膜，抑制菌核萌发。此外可以增施磷钾肥、用0.5%大黄素甲醚500倍进行喷雾。
　　四、灰霉病
　　1、发病症状：多从积水的心叶、叶片的边缘，或植株下部受损伤叶柄及枯黄的外叶开始侵染。病部呈水渍状坏死、腐烂、以后在病部表面产生灰色霉层，随病害发展染病枝叶萎蔫死亡。
　　2、发病规律：主要以菌核在土壤中或以菌丝及分生孢子在病残体上越冬或越夏。翌春条件适宜，菌核萌发，产生菌丝体和分生孢子梗及分生孢子。分生孢子成熟后脱落，借气流、雨水、露珠或农事操作进行传播，萌发时产出芽管，从寄主伤口或衰老的器官及枯死的组织上侵入，发病后在病部又产生分生孢子，借气流传播进行再侵染。本菌为弱寄生菌，可在有机物上腐生。发育适温20～23℃，最高31℃，最低2℃。对湿度要求很高，一般12月至翌年5月，气温20℃左右，相对湿度持续90%以上的多湿状态易发病。
　　3、防治措施：可以用0.5%大黄素甲醚500倍、0.7%香芹酚水剂600倍进行喷雾。

虫害
　　1、甜菜夜蛾（青虫）：可用300亿PIB/g甜菜夜蛾核型多角体病毒水分散粒剂进行防治。
　　2、蚜虫、白粉虱：可用6%鱼藤酮500倍液+矿物油200倍进行防治。
　　3、美洲斑潜蝇：可用0.6%苦参碱500倍+99%矿物油200倍进行防治。