目前我国已进入有机农业的快速发展时期，一些非农企业、风投公司纷纷投资转向有机产业发展，很多地方政府也将发展有机农业作为农业经济发展、农村环境保护和农业面源污染控制的重要手段。但在有机农业的实际发展过程中，存在着对有机农业的生产标准、技术原理理解不透把握不准甚至误解、和一味寻求对农用化学品替代品的依赖而忽视整个农业生态系统协调发展的现象。相关研究表明，如果有机农业的技术应用不当，同样会引起面源污染加重、产品质量下降等问题。因此，要真正实现有机农业的环境、经济和社会效益共赢的目标，需要提倡发展科学的有机农业。
　　一是要注重对有机生产系统的整体规划。
　　以农业生态工程、循环农业的原理对有机生产系统进行因地制宜的整体规划，使基地成为一个“整体、协调、循环、再生”的有机整体，实现系统物质的循环利用和能量的梯级利用，最大幅度减少外界的物质与能量的投入，节约成本，提高综合生产力和效率。从维护生产系统的生态平衡的角度出发，对基地进行景观布局，选择病虫害抗性强，能为害虫天敌提供食物和避所的植物作为田篱、防风林或缓冲带的植被，在基地间隔性地保留或设置一些由天然植被构成的生态岛或小池塘等景观单元，以增加基地的生物多样性和景观构成的多样性。
　　二是将土壤培肥作为有机生产系统实现健康栽培的基础。
　　有机农业将土壤健康作为植物、动物健康和人类健康的前提，因此培肥土壤是建立有机生产的第一要素。施用有机肥、种植绿肥、秸秆还田等是培肥土壤的基本技术，但如何既满足有机生产作物的养分需求和增加土壤有机质的需要，又不引起土壤重金属的污染、土壤盐渍化、面源污染排放尤其是磷的排放等就需要开展科学研究，建立精准的土壤培肥技术体系。来自集约化养殖场的猪粪、鸡粪等由于养殖过程中饲料中添加的铜、锌、砷等元素和治疗过程中兽药的残留，可导致生产的有机肥中相关重金属和抗生素等兽药的含量高，如果作为有机生产基地的投入品，则需要对其进行检测达标后方可使用，对使用量也需要通过实验研究进行确定。
　　三是病虫草害的防治需要现代科技作为支撑。
　　需要培育适应有机栽培方式的作物品种和病虫害的抗性品种；需要现代的生态、生物、物理防治技术，如在欧美国家，有机生产中瓢虫、草蛉、捕食螨、赤眼蜂等害虫天敌得到较为广泛的应用；需要研究建立良好的作物轮作套种模式，既可充分利用土壤中的养分又能预防多种病虫害的发生；草害是有机生产的巨大挑战，消耗劳力多，当前农村劳力紧张，需研究高效的除草机械和生物、物理的除草技术。
　　四是产品收后的保鲜、贮藏技术要加强。
　　为保持有机产品质量的完整性，在产品收后的保鲜、贮藏阶段也禁止使用化学合成的物质来保持产品的品质和防止霉烂与害虫的发生。我国有机产品的国内市场在快速增长，为满足长期供货，有机稻谷、小麦、高粱、大豆、水果、蔬菜等都需要贮藏或保鲜，研究符合有机产品标准要求的相关技术非常迫切，尤其是如何确保有机产品贮藏能渡过高温高湿季节的技术。
　　总之，有机农业是安全、优质、健康、环保的产业，要实现其目标，需要系统配套的科学技术作为支撑，需要发展科学的有机农业。